Juan de Zubileta nació en Barakaldo, en el barrio de la margen izquierda del río Cadagua, que hoy día conserva su nombre. Con casa solar en Barakaldo, era hijo de Martín Ochoa de Zubileta y de su mujer Sancha, de la cual se desconoce el apellido. De familia adinerada (Rentería en Bilbao, Rentería en Zubileta, casas en Portugalete, Gordejuela, Mesón de Castrejana etc.) su familia poseía 4 navíos a medias partes con Bertendona y otros parcioneros. La familia tenía tumba en Burtzeña.

Un muchacho instruido, sabía leer y escribir en romance, o sea en castellano. Con 15 años de edad, al enterarse de la noticia de la organización de la expedición comercial al Maluco, sintió deseos de emprender el citado viaje, embarcando finalmente en la nao Victoria como paje. Juan de Zubileta contaba 18 años al tomar tierra de regreso en Sanlúcar de Barrameda.

Con Juan Sebastián Elcano, insigne marinero de Getaria, y otros 16 compañeros, consiguió terminar la impensable y extraordinaria expedición, de dar por primera vez la vuelta al mundo a principios del siglo XVI. Juan Sebastián Elcano, Juan de Acurio, Juan de Arratia y Juan de Zubileta dieron por completo la vuelta al mundo. Los dos últimos realizaron toda la navegación en la Nao Victoria.

El 23 de mayo de 1524, Juan de Zubileta prestó declaración en la Junta de Badajoz junto a Acurio, Arratia y Pedro de Tolosa, para probar el derecho de Castilla para la posesión del Maluco. El de Barakaldo declaró haber conocido a Carlos I, pero no a los reyes Fernando e Isabel.

Recibió 200 ducados de oro de la corona española. Falleció en Valladolid con 22 años, dejo testamento para los hermanos.

El 25 de abril de 2019 el Pleno del Ayuntamiento de Barakaldo decidía reconocer su valía distinguiéndole como Hijo Predilecto de la ciudad.

El 6 de setiembre de 2022 se cumplieron 500 años de la culminación de la vuelta al mundo que iniciase Magallanes y terminó Juan Sebastián Elcano.

El sello reproduce el cuadro El desembarco de Elcano en Sevilla es un óleo sobre lienzo realizado por Elías Salaverría Inchaurrandieta. Tiene unas dimensiones de 254 x 239 centímetros. Fue un encargo solicitado por la Diputación de Gipuzkoa en 1922 para conmemorar el IV Centenario de la Primera Vuelta al Mundo (1522-1922) por el marino de Guetaria Juan Sebastián de Elcano. Actualmente se encuentra en el edificio de la Diputación Foral de Gipuzkoa.